Toutes les données manipulées par un système Medical Objects sont stockées et transférées en respectant la norme ISO 8859-1. Tous les courriers et compte-rendus sont stockés aux formats TEXTE, HTML ou PDF.

En ce qui concerne les couches basses du réseau, les communications entre entités Medical Objects utilisent TCP/IP. Au dessus de TCP/IP, le protocole de transfert des données médicales préconisé par Medical Objects est HL7 .

C'est un service riche et primordial dans Medical Objects. Il permet l'identification sans équivoque des utilisateurs : par mot de passe et/ou par cartes C.P.S.

La surveillance (audits et traces) des actions accomplies par un utilisateur ou un poste de travail fait aussi partie intégrante des fonctionnalités "sécurité" d'un système Medical Objects.

La suite Medical Objects a été agréée par la  C.N.I.L. et par le Collège de Déontologie des Cartes C.P.S.

Les passerelles de communication ont pour objectif l'interconnexion entre le moteur de communication Medical Objects et des systèmes d'information indépendants (e.g. système de gestion administrative, ou système de laboratoire).

Elles peuvent être situées sur un serveur Medical Objects, ou sur une machine indépendante, car elles communiquent avec le moteur de données via l'axe de communication Medical Objects.

Medical Objects dispose d'un serveur intranet/internet qui permet de consulter un dossier patient en utilisant un navigateur web.

Cette fonctionnalité est utilisable au sein de l'établissement, mais aussi depuis le poste d'un médecin de ville.

Cette interface bénéficie des mêmes facilités que les applicatifs autonomes: identification par cartes C.P.S, lecture des cartes SESAM-Vitale.